Las cartas y oficios de Hernán Cortes a su nieto Fernando Cortés y otro tanto de documentos que fueron robados de las oficinas del Archivo General de la Nación, han comenzado a aparecer en en subastas de las casas Swann, Christie´s Bonhams y Nate D. Sanders en Nueva York y California.
En el 2006 la AGN notificó un faltante de 16 documentos, en el 2009 ya hacían falta dos expedientes y 9 documentos gráficos.
Para el 2011 más de 76 documentos no estaban y en el 2020 otros 15 fueron sustraídos ilegalmente del Fondo del Hospital de Jesús, que es el acervo histórico más antiguo de México.
En recientes fechas, el 23 de septiembre de 2021, por medio de un tweet, Marcelo Ebrad titular de la Secretaría de Relaciones Exteriores de México, notificó que en la ciudad de Nueva York, se recuperaron varios objetos arqueológicos, entre los una de las cartas faltantes de Hernán Cortés, mismos que fueron recuperados por la Fiscalía General de Nueva York y Homeland Investigations.
Otro de los documentos recuperados es un decreto de la Reina Isabel, en el que se autoriza el regreso de Cortés a las colonias.
La Dirección de Asuntos Jurídicos y Archivísticos de la AGN se hizo cargo de preparar la carpeta de investigación de la denuncia iniciada por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.
